一个人有23对（46条）染色体，同一对染色体同一位置上的一对基因称为等位基因，一般一个来自父亲，一个来自母亲。如果检测到某个DNA位点的等位基因，一个与母亲相同，另一个就应与父亲相同，否则就存在疑问了。
利用DNA进行亲子鉴定，只要作十几至几十个DNA位点作检测，如果全部一样，就可以确定亲子关系，如果有3个以上的位点不同，则可排除亲子关系，有一两个位点不同，则应考虑基因突变的可能，加做一些位点的检测进行辨别。DNA亲子鉴定，否定亲子关系的准确率几近100%，肯定亲子关系的准确率可达到99.99%。
DNA亲子鉴定主要通过以下特征来判定
体细胞稳定性：同一个体的血液、唾液、精液以及各器官组织DNA是一致的，并且对同一健康人来说是终生不变的，这是最基本的前提。
个体高度特异性：不同个体DNA 分子水平上遗传本质的差异，决定了同一种限制酶消化基因组DNA ，某一个体与另一个体的等位基因片段在数量和长度上是不可能相同的，从而产生具有个体特异性的DNA 。
按孟德尔遗传规律遗传：通过大量的家系调查证明，子代DNA 中所有等位基因带都可以在双亲的DNA中找到，片段的传递符合孟德尔遗传规律。
