叶绿素是植物光合作用中的重要光合色素，可分为a、b、c、d四类。叶绿素不溶于水，而溶于有机溶剂，叶绿素a存在于所有的浮游植物中，大约占有机干重的1%～2%。叶绿素a本身对环境没有危害，但它是估算浮游植物生物量的重要指标，可以通过测定水中浮游植物叶绿素a的含量，掌握水体的初级生产力情况和富营养化水平，在环境监测中，叶绿素a含量是评价水体富营养化的指标之一。
在植物性水华现象发生初期，由于植物的光合作用，水体会出现高叶绿素a、高溶解氧、高化学耗氧量。这种环境因素的改变，致使一些生物不能正常生长、发育、繁殖，导致一些生物逃避甚至死亡，破坏了原有的生态平衡。因此监测水中的叶绿素a,蓝绿藻的含量，是对水质监测的重要指标。
